Agribisnis jeruk berawal dari pembibitan, yang berarti bahwa keberhasilan pembangunannya di Indonesia menuntut dukungan industri bibit yang tangguh. Benih jeruk bermutu merupakan bibit yang bebas dari tujuh macam patogen sistemik seperti CVPD (Citrus Vein Phloem Degeneration), CTV (Citrus Tristeza Virus), CVEV (Citrus Vein Enation Virus) yang tular vektor dan yang non tular vektor CEV (Citrus Exocortis Viroid) ,CPsV (Citrus Psorosis Virus), CcaV dan CTLV. Selain itu bibit bermutu dijamin kemurnian varietas batang atas dan batang bawahnya.
Meski telah berlabel bebas penyakit, setelah bibit ditanam, bibit dapat kembali terinfeksi oleh penyakit yang berbahaya ini. Maka, strategi pengendalian penyakit CPVD yang berupa paket teknologi Pengendalian Terpadu Kebu Jeruk Sehat (PTKJS) harus diterapkan secara utuh, yang meliputi menggunakan bibit jeruk berlabel bebas penyakit, mengendalikan serangga penular CPVD D. citri secara cermat, melakukan sanitasi kebun secara cermat, memelihara tanaman secara optimal, serta konsolidasi pengelolaan kebun di suatu wilayah target pengembangan. Penerapan (PTKJS) secara utuh dan benar diharapkan dapat mewujudkan agribisnis jeruk yang tangguh di Indonesia.
Badan Litbang Pertanian telah menghasilkan pohon induk jeruk bebas penyakit melalui beberapa tahapan yakni membersihkan calon pohon induk yang telah ditentukan dari tujuh patogen sistemik tersebut di atas melalui penyambungan tunas pucuk (Shoot-tip graffting) yang di laboratorium kultur jaringan milik Balai Penelitian Tanaman Jeruk dan Buah Subtropika (Balitjestro). Biji batang bawah ditumbuhkan dalam media agar-agar yang mengandung mineral dan vitamin.
Penyambungan dilakukan dengan bantuan mikroskop, menggabungkan pucuk tunas berukuran 0.15 mm dengan semaian batang bawah sambungan, kemudian ditumbuhkan dalam media cair yang diperkaya dengan mineral dan vitamin. Setelah tumbuh kemudian diindeksing untuk memastikan apakah tanaman tersebut benar-benar telah terbebas dari tujuh patogen sistemik. Tanaman yang telah dinyatakan bebas penyakit, kemudian dipelihara dalam rumah kasa sebagai pohon induk sumber mata tempel bagi Blok Fondasi yang tersebar di beberapa provinsi di Indonesia.
Distribusi materi perbanyakan dari pohon induk bebas penyakit hingga sampai ke petani melalui alur baku yang berlaku secara nasional, yaitu dari Blok Fondasi, Blok Penggandaan Mata Tempel (BPMT) ke Blok Penggandaan Benih Komersial milik penangkar bibit; baru kemudian ke petani untuk ditanam. Pohon induk di Blok Fondasi dan BPMT dipelihara secara optimal dalam rumah kasa yang tidak bisa dimasuki oleh serangga penular.
Indeksing secara berkala dilakukan pada setiap pohon induk di BPMT harus dibongkar setiap tiga tahun panenan dan diremajakan kembali dengan materi yan berasal dari Blok Fondasi. Bibit jeruk yang dinyatakan lulus pemeriksaan akan di label bebas penyakit oleh Balai Pengawasan dan Sertifikasi Benih setempat.
