Fateta sebagai salah satu fakultas di IPB mempunyai struktur organisasi yang sama dengan fakultas lain di IPB. Struktur organisasi Fateta sesuai dengan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor : 66 Tahun 2013 tentang Statuta Institut Pertanian Bogor, Ketetapan Majelis Wali Amanat Institut Pertanian Bogor Nomor :125/MWA-IPB/2013 tentang Pengesahan Struktur Organisasi Institut Pertanian Bogor dan  SK Rektor.  Sesuai dengan ketentuan tersebut, Fateta dipimpin oleh seorang dekan dengan dibantu oleh wakil dekan. Dalam fakultas ini terdapat empat departemen yaitu Departemen Teknik Mesin dan Biosistem (TMB), Departemen Ilmu dan Teknologi Pangan (ITP),  Departemen Teknologi Industri Pertanian (TIN) dan Departemen Teknik Sipil dan Lingkungan (SIL).  Masing-masing departemen dipimpin oleh seorang Ketua Departemen yang dibantu oleh Sekretaris Departemen.

Gambar Struktur Organisasi Fateta IPB