Dalam program pascasarjana S2 di lingkungan Fakultas Teknologi Pertanian IPB, terdapat beberapa Mayor Program Pascasarjana S2 dari masing-masing Departemen di Fateta IPB. Mayor tersebut antara lain sebagai Berikut:
Program Magister di Departemen Teknik Mesin dan Biosistem
Teknik Pertanian dan Biosistem
Program Magister di Departemen Ilmu dan Teknologi Pangan
Program Magister di Departemen Teknologi Industri Pertanian
Program Magister di Departemen Mayor Teknik Sipil dan Lingkungan