Dalam program pascasarjana S2 di lingkungan Fakultas Teknologi Pertanian IPB, terdapat beberapa Mayor Program Pascasarjana S2 dari masing-masing Departemen di Fateta IPB. Mayor tersebut antara lain sebagai Berikut:

Program Magister di Departemen Teknik Mesin dan Biosistem 

Teknik Pertanian dan Biosistem

Teknologi Pascapanen

Program Magister di Departemen Ilmu dan Teknologi Pangan

Ilmu Pangan

Profesional Teknologi Pangan

Program Magister di Departemen Teknologi Industri Pertanian

Teknik Industri Pertanian

Program Magister di Departemen Mayor Teknik Sipil dan Lingkungan

Teknik Sipil dan Lingkungan