Dalam program studi S3 di lingkungan Fakultas Teknologi Pertanian IPB, terdapat beberapa program studi S3 dari masing-masing Departemen di Fateta IPB. Program studi tersebut antara lain sebagai berikut:
Program Doktor di Departemen Teknik Mesin dan Biosistem
Program Doktor di Departemen Ilmu dan Teknologi Pangan
Program Doktor di Departemen Teknologi Industri Pertanian