Dalam program studi S3 di lingkungan Fakultas Teknologi Pertanian IPB, terdapat beberapa program studi S3 dari masing-masing Departemen di Fateta IPB. Program studi tersebut antara lain sebagai berikut:

Program Doktor di Departemen Teknik Mesin dan Biosistem 

Ilmu Keteknikan Pertanian

Program Doktor di Departemen Ilmu dan Teknologi Pangan

Ilmu Pangan

Program Doktor di Departemen Teknologi Industri Pertanian

Teknik Industri Pertanian